В частности это косвенно подтверждается тем, что против Баринова было заново возбуждено старое уголовное дело о хищении вверенного ему имущества, когда тот возглавлял АГД - "дочку"-ЛУКОЙЛа. Несмотря на то, что в 2000 году это дело было закрыто, когда обвинения, выдвинутые против него, не подтвердились.
В Генпрокуратуре с политической версией не согласились, пишет «Труд», обвинив губернатора еще и в превышении служебных полномочий. Дело в том, что в 2005-2006 годах администрация НАО заключила с работающими на ее территории компаниями-"дочками" ЛУКОЙЛа договоры, согласно которым были оплачены работы по возведению в столице округа Нарьян-Маре православного храмового комплекса и подготовке документации на строительство рыбоводного завода. По версии самого Баринова, эти перечисления должны быть зачтены при оформлении комплексного договора о социально-экономическом развитии округа между администрацией НАО и ЛУКОЙЛом. На самом деле так оно и случилось. Пока опальный губернатор на допросах в "Матросской Тишине" безуспешно доказывал следователям правоту своих действий, такой договор между округом и ЛУКОЙЛом был благополучно подписан и. о. главы НАО Валерием Потапенко и Вагитом Алекперовым.
В ходе судебного разбирательства гособвинитель Дмитрий Смирнов признал, что все работы по заключенному контракту и оплаченные структурами нефтяной компании были выполнены в точном соответствии с договором. Однако, по словам Смирнова, этот факт не имеет юридического значения. Надо полагать, что судья Ольга Иванова, ведущая процесс, не оставит без должной оценки столь странную логику обвинения. Кроме того, по версии прокуратуры, пострадавшими в резонансном уголовном деле являются компания ЛУКОЙЛ и ее дочерние структуры. Любопытно, что на суде представители так называемой потерпевшей стороны заявили, что таковыми себя не считают. Более того, за все время разбирательства не нашлось ни одного свидетеля, выступающего пусть даже с косвенными уликами против опального главы региона.