Большая часть нарушений (на 16,4 миллиарда рублей) касается неэффективного использования средств. Кроме того, часть средств была предоставлена регионам с нарушениями, а ряд муниципальных контрактов был заключен без проведения конкурсов. Вместе с тем, в целом Счетная палата положительно оценила работу Фонда ЖКХ.
Фонд ЖКХ был создан в 2007 году для долевого финансирования с регионами капремонта многоквартирных домов и расселения аварийного жилого фонда. По состоянию на 26 сентября 2011 года госкорпорация выделила субъектам 282,5 миллиарда рублей (регионы добавили 73,2 миллиарда рублей). Фонд будет осуществлять свою деятельность до 1 января 2013 года.
В 2009 году Генеральная прокуратура выявила факты расточительного расходования средств, выделенных Фонду ЖКХ из федерального бюджета. В частности, было установлено, что только на зарплату сотрудников фонда в 2008 году было потрачено 234,9 миллиона рублей, что сопоставимо с расходами на содержание центральных аппаратов Роснедр, Росархива, Роспатента, Росинформтехнологии и Роскартографии вместе взятых.
По данным Генпрокуратуры, за 2008 год общая сумма вознаграждений членам правления фонда составила 55 миллионов рублей (для сравнения, столько же Еврейской автономной областью и Томской областью было затрачено на капремонт жилья). После обнародования результатов проверки наблюдательный совет Фонда ЖКХ принял решение о сокращении оплаты труда членам правления фонда и снижении расходов фонда на административно-хозяйственную деятельность.
В декабре прошлого года сообщалось, что комиссия Госдумы по законодательному обеспечению деятельности субъектов естественных монополий, госкорпораций и коммерческих организаций с государственным участием считает необходимым уволить ряд руководителей Фонда ЖКХ в связи с неудовлетворительными результатами работы. В частности, план по количеству переселенных граждан был выполнен на 68,4 процента, по числу расселенных аварийных домов - на 56,8 процента.