Михайловский дворец был подвергнут неоднократным перестройкам. В Вестибюле первого этажа разместился Малый театр. На втором этаже вместо столовой появился Большой театр. Около Первой гостиной разместили Малую дворцовую церковь Св. Елены. Бывшую Первую гостиную (теперь зал Боровиковского) превратили в мемориальный Петровский зал. Вторая гостиная (Белый зал) использовалась в качестве Музыкальной гостиной. Мебель, интерьеры тоже изменились.
Работы проводились по проектам Р.А. Гедике, Г.Э. Боссе, А.И. Штакеншнейдера и других архитекторов. Когда умерла Елена Павловна, дворец перешел по наследству к ее третьей дочери, великой княгине Екатерине Михайловне, которая вышла замуж за герцога Георга Августа Мекленбург-Стрелицкого. Прожив супружеской жизнью 14 лет, Екатерина Михайловна приняла решение удалиться от мужа, поселившись в Манежном флигеле. Архитектор Е.А. Прейс создал для нее восьмикомнатную квартиру, окна которой выходили на Парадный двор и Инженерную улицу, вход во флигель располагался со стороны центрального проезда. В апреле 1894 года княгиня умерла. Екатерина Михайловна завещала Михайловский дворец своим детям. Сыновья Михаил и Георг и дочь Елена занимали четыре комнаты - Гимнастическую, Ковровую, Спальню принцессы, Спальню принцев. Детские комнаты располагались справа от входа в южной части 1-ого этажа.
К свадьбе Георга-младшего и экс-фрейлины двора княгини Екатерины Михайловны Вонлярлярской Н.Ф., которая имела место зимой 1890 года, архитектор К.Е. Прейс устроил восемнадцатикомнатную квартиру в нижнем этаже западного Фрейлинского флигеля.
Принцесса Елена Георгиевна в 1891 году вышла замуж за принца Альберта Саксен-Альтенбургского, своего троюродного брата. Часть бывших покоев Георга, в частности, Свитский кабинет, Малую свитскую и Спальню перестроили для них. Спальня принца Альберта была устроена в Большом угловом кабинете. Герцог Михаил приспособил под своё жильё бывшие детские комнаты. Здесь хранились его коллекции сервизов: серебряный туалетный, большой французский серебряный, золотой чайный и старинный фарфор, украшенную изумрудами и бриллиантами шпагу и прочие ценности.
В. Виноградова