В 1990 г. Сидоров создал новую научную специальность «безопасность в чрезвычайных ситуациях», открыв в Архангельске профильный докторский диссертационный совет.
В 1993 г. стал ректором Архангельского медицинского института, в 1994 г. преобразовал вуз в Архангельскую медицинскую академию, в 2004 г. - в Северный государственный медицинский университет, имеющий 18 факультетов.
В полярной зоне Земли (выше 65 градусов Северной широты) всего 14 медицинских факультетов вузов (в 10 странах) и только один медицинский университет - СГМУ в России.
В 1994 г. П.И.Сидоров создал и включил в учебный план новую специальность - «медицинская экология». В этом же году учредил на Президиуме РАМН и стал главным редактором нового Всероссийского научно-практического журнала «Экология человека».
В 1996 году первым из отечественных ученых избран член-корреспондентом РАМН по новой специальности «Экология человека», с 2000 г. - академик РАМН.
В 2000 г. организовал и стал главным редактором Всероссийского научно-практического ежемесячного журнала «Наркология» (учрежден РАМН, издается в Москве).
П.И.Сидоров - создатель ряда новых научных концепций и направлений: ментальной медицины и синергетики психического здоровья, деструктивного профессиогенеза и предупреждения психического терроризма, саногенетической терапии и интерактивного лечения зависимых расстройств.
Автор более 800 научных публикаций, в т.ч. 70 учебников и руководств, книг и монографий, 350 научных журнальных статей (110 - за рубежом), 30 патентов на изобретения.
Создатель новой научной дисциплины и федерального учебника «Деловое общение» (2004 г., авторы - П.И.Сидоров, М.Е.Путин, И.А.Коноплева).
Создатель новых факультетов в медицинских вузах и федерального учебника «Клиническая психология» (3-е издание, 1999 г., 2004 г., 2008 г.)
Создатель новой учебной дисциплины и федерального учебника «Экология человека» (2008 г., А.И.Григорьев, Н.А.Агадженян, П.И.Сидоров и др.).
Под руководством П.И.Сидорова защищено 80 кандидатских и докторских диссертаций.
Заслуженный деятель науки России (1998 г.), награжден орденом «Почета» (2003 г.) и «За заслуги перед Отечеством IV степени» (2008 г.). Орден получал в Кремле от Президента России В.В.Путина.
Лауреат премии правительства РФ в области науки и техники (2006 г.).
За выдающийся вклад в развитие полярной медицины на Международном научном конгрессе Всемирной федерации полярной медицины в июле 2009 г. в Монреале (Канада) заочно награжден Золотой медалью Джона Байдена.
Член Президиума Совета ректоров медицинских вузов МЗСР ЗФ. В марте 2009 г. «Медицинской газетой» был признан «Ректором года» среди ректоров медицинских вузов страны.
Член Правления Всероссийского общества психиатров. Член редколлегий 10 международных и всероссийских научных журналов.
Вице-президент Ломоносовского фонда.
В настоящий момент - с 24 апреля 2009 г. - находится в СИЗО Архангельска по лживому навету своего же коллеги. Состояние здоровья П.И.Сидорова, тяжело больного диабетом, в условиях заключения стремительно ухудшается. Лечащие врачи, обследовав его в СИЗО, делают вывод, что академик может умереть в застенках, не дожив до суда, если ему не оказать помощь, которая в условиях «больнички» УФСИН невозможна.
Члены Общественной палаты РФ просили передать ректору СГМУ Павлу Сидорову слова поддержки
Врачи Архангельска - доктору Рошалю: Академик умирает в СИЗО
Ведущие ученые медицины Севера потребовали от архангельских властей спасти жизнь ректору СГМУ
Ректор СГМУ Павел Сидоров: Я могу не дожить до суда
Дело ректора СГМУ: Заказчик подставы Павла Сидорова метил в его кресло
Дело Сидорова: Осина для иудушек
Адвокат: С ректора СГМУ Павла Сидорова требуют признательных показаний - без них дело развалится