Ходорковский и глава МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев в мае 2005 года были приговорены к девяти годам лишения свободы в колонии общего режима. В сентябре того же года срок наказания предпринимателям был сокращен до восьми лет. Ходорковского и Лебедева признали виновными в мошенничестве, уклонении от уплаты налогов и неисполнении судебных решений, вступивших в законную силу.
Ходорковский был арестован 25 октября 2003 года. Таким образом он провел под стражей более 4,5 лет и может просить о досрочном освобождении. Подобная мера применяется, если осужденный проявил раскаяние в совершенных преступлениях и показал примерное поведение в ходе отбывания наказания. Однако Ходорковский не признал себя виновным, и, кроме того, получил несколько дисциплинарных взысканий, большинство из которых были обжалованы его защитой.
Между тем на рассмотрение в Госдуму в июне 2008 года были внесены поправки в Уголовный кодекс, которые предусматривают приравнивание одного дня пребывания СИЗО до суда к полутора дням отбывания срока в колонии общего режима. В случае принятия этих поправок срок заключения Ходорковского по первому делу истечет в 2009 году.
Подобное развитие событий касается и Платона Лебедева, который был задержан в июле 2003 года. О том, подавал ли бывший глава "МЕНАТЕПа" прошение об УДО, пока неизвестно.
В декабре 2006 год Ходорковский и Лебедев были переведены из мест лишения свободы в читинский СИЗО, где в феврале 2007 года им были предъявлены новые обвинения в хищении акций Восточной нефтяной компании (ВНК) и почти 350 миллионов тонн нефти, а также в легализации полученных средств на сумму более 850 миллиардов рублей.
Адвокаты и сами фигуранты дела назвали новые обвинения абсурдными, а приведенные цифры фантастическими. Тем не менее, в случае признания Ходорковского и Лебедева виновными в новых преступлениях им грозит остаться за решеткой еще на 22 года.
На данный момент срок содержания в читинском СИЗО им продлен до 2 августа 2008 года. Кроме того, в конце июня им была предъявлена для ознакомления новая формулировка обвинения, в которую, по мнению адвокатов, были внесены лишь незначительные изменения, сообщает Lenta.ru.