Лагерь занимал территорию храмового комплекса Холмогор и был одним из первых концлагерей, появившихся после указа ВЦИК Народных комиссаров в 1918 году. Во времена "красного террора" здесь приводились в исполнение многочисленные смертные приговоры. Кроме этого, большое количество заключенных погибло от голода, тяжелых условий содержания и непосильного труда (заключенные Холмогорских лагерей трудились на лесозаготовках).
В начале двадцатых годов здесь в заключении находились такие известные новомученики российские, как священномученик архимандрит Соловецкого Спасо-Преображенского мужского монастыря Вениамин (Кононов), священномученик иеромонах Соловецкого монастыря Никифор. Большинство же имен пострадавших в годы становления Советской власти на Русском Севере останется неизвестным.
О масштабах террора и беззакония, творившихся в Холмогорских лагерях говорят такие факты: в восьмидесятых годах на месте расположения лагерей были обнаружены останки заключенных в таком количестве, что двух телег с трудом хватило, чтобы вывести их и захоронить; в конце сентября .начале октября этого года на месте работ по прокладке кабеля (также на территории концлагеря) обнаружили до 18 мешков с останками заключенных.
Сейчас православная община Холмогор совместно с настоятелем иеромонахом Леонтием (Эйзенманом) планирует установить и освятить Поклонный крест на месте обнаружения останков.