Кандидатура Вахрукова была предложена ярославским парламентариям 19 декабря президентом России Владимиром Путиным. Его предшественник Анатолий Лисицын, возглавлявший на парламентских выборах 2 декабря ярославский список "Единой России", перешел на работу в Госдуму. По неофициальной информации, фактически Лисицын был уволен за то, что "партия власти" получила в регионе недостаточно высокий результат (53,17 процента). Такая же участь постигла смоленского губернатора Виктора Маслова, которого в понедельник 24 декабря сменил Сергей Антуфьев.
Сергей Вахруков был заместителем губернатора Ярославской области с 1991 по 1994 год, а с 1996 по 2000 год был спикером регионального парламента. Он считался одним из ближайших соратников Анатолия Лисицына, но в 1999 году был его основным конкурентом на губернаторских выборах. После поражения Вахруков перешел на работу в аппарат полномочного представителя президента в Уральском федеральном округе. Его называют человеком, близким к главе администрации президента Сергею Собянину, вместе с которым они работали в уральском полпредстве.