Среди самых непримиримых противоречий проекта Лесного кодекса по-прежнему остаётся то, что лесные участки документ рассматривает, как участки земли, а это означает, что их оборот может регулироваться земельным и Гражданским законодательством. Рабочая группа Комитета ГД по природным ресурсам и природопользованию продолжает настаивать на том, что лесные участки надо рассматривать, как часть экологической системы, а значит их оборот должен регулироваться специальным лесным законодательством.
Что касается сроков действующих договоров аренды лесного фонда, а именно это положение проекта Лесного кодекса больше всего беспокоит лесопользователей, то, по мнению Пинягиной, есть все предпосылки для того, чтобы новый Лесной кодекс отдавал приоритет тем, кто уже заключил договоры аренды ранее, или ещё лучше пролонгировал действующие договоры.