Апанасенко был уволен с поста прокурора города и из органов прокуратуры 9 июля 2007 года. В ходе служебной проверки, говорилось в приказе об увольнении, подписанным Чайкой, было установлено, что "26 апреля 2006 года, 7 мая 2006 года и 10 мая 2006 года в телефонных разговорах со сторонними лицами прокурор Апанасенко лично обсуждал порядок и процедуру проводимой прокуратурой в отношении них доследственной проверки, а также вопросы коммерческой деятельности и получения материальных вознаграждений". Апанасенко, говорилось в приказе, увольняется за "нарушение присяги прокурора".
В иске, принятом к рассмотрению Мосгорсудом, Апанасенко требует восстановить его в должности и взыскать с ответчика - Юрия Чайки - заработною плату за время вынужденного прогула. Бывший прокурор указывает, что у правоохранительных органов не было санкции суда на прослушивание телефонных разговоров, на основании которых было принято решение о его увольнении. Кроме того, Апанасенко сообщает, что он никак не мог "нарушить присягу прокурора", на которую ссылается в приказе Чайка, так как она была введена в феврале 1999 года - за три года до его поступления на работу.
Представители Генпрокуратуры, сообщили "Коммерсанту", что вне зависимости от того, принимал ли бывший прокурор присягу, он, согласно закону "О прокуратуре РФ", мог быть уволен "за совершение проступков, порочащих честь прокурорского работника". Обвинения в незаконном прослушивании телефонных разговоров Апанасенко в Генпрокуратуре как-либо прокомментировать отказались. По просьбе Генпрокуратуры судебному делу об увольнении Апанасенко присвоен гриф "секретно".
Отметим, что в Архангельске также незаконно используется телефонная прослушка. Так, во время суда по уголовным делам мэра Александра Донского суд уже неоднократно заслушивал аудиоматериалы телефонных переговоров не только самого Донского, но и членов его семьи, сотрудников мэрии и абсолютно сторонних лиц. На вопросы адвокатов о том, насколько в рамках закона сделана та или иная запись, суд и представители гособвинения отвечают молчанием.