Чиновникам фонда вменяется несколько десятков эпизодов получения взяток от руководителей компаний-поставщиков лекарственных средств. Однако обвинение в даче взяток предъявлено лишь гендиректору ЗАО "Центр внедрения "Протек"" Виталию Смердову. Остальные взяткодатели пошли на сотрудничество со следствием, и поэтому стали свидетелями обвинения.
Уже в ходе следствия выяснилось, что и закупка лекарств в ФФОМС и его отделениях проводилась по ценам выше рыночных, из-за чего 30 млрд руб., выделенных фонду на эти цели в 2006 году, были израсходованы уже за полгода. Собственно после этого и разразился скандал, в результате которого деятельностью фонда заинтересовалась вначале Счетная палата РФ, а потом и Генпрокуратура, возбудившая уголовное дело. Заканчивал расследование уже следственный комитет при прокуратуре РФ, образованный в сентябре прошлого года. Бывшим чиновникам фонда (вскоре после возбуждения уголовного дела все они были уволены) следствие инкриминировало ст. 285 ("Злоупотребление должностными полномочиями"), а также ст. 290 и ст. 291 ("Получение и дача взяток") УК РФ. Изначально следствие утверждало, что чиновники получили и распределили между собой несколько десятков миллионов долларов, полученных от взяткодателей, однако в уголовном деле суммы предполагаемых взяток оказались гораздо ниже.
В ноябре 2006 года по подозрению в получении взяток от руководителей территориальных фондов и представителей фармацевтических компаний, участвующих в поставках медикаментов в рамках госпрограммы дополнительного лекарственного обеспечения было арестовано практически все руководство ФФОМС. В том числе бывший гендиректор фонда Андрей Таранов, его заместители Наталья Климова, Дмитрий Шиляев, Дмитрий Усенко и Юрий Яковлев, а также начальники нескольких управлений ФФОМС и его региональных отделений.
Ожидается, что первые слушания суд проведет в июне-июле 2008 года, после nuj как обвиняемые познакомятся с 89 томами уголовного дела.