В большинстве регионов меры, проводимые органами исполнительной власти, не обеспечивают охвата горячим питанием всех возрастных групп учащихся. При этом, в Чукотском АО, Корякском АО, в Хабаровском крае, Ульяновской, Тюменской, Архангельской, Астраханской, Московской областях даже не разработаны или не приняты специальные программы, касающиеся обеспечения школьников горячим питанием.
Онищенко считает, что основным недостатком организации питания является то, что «при составлении меню главным является не физиологическая ценность продуктов, а прокрустово ложе нищенских ассигнований на школьное питание и высокая стоимость продуктов». Он выказал обеспокоенность по поводу безопасности школьных блюд, которая, по его оценкам, не стала лучше в сравнении с прошлым сезоном. Онищенко привел также данные по стоимости школьного питания, которое, как он отметил, в большинстве своем вынуждены оплачивать сами школьники и их родители. Согласно этой информации, в сельских школах стоимость завтрака составляет 3-5 рублей, в городских школах - 5-7 рублей; обед в сельских школах стоит в среднем от 10 до 15 рублей, в городских школах от 20 до 25 рублей. При этом главный государственный санитарный врач отметил, что ассигнования на школьное питание из федерального бюджета шли в учебном 2005-2006 году только на территориях, пострадавших от чернобыльской аварии. «В остальных регионах страны школьное питание должно финансироваться из местных бюджетов местными администрациями, но большинство из них этого не делают», – заявляет Онищенко.