Подлодка входит в состав Северного флота России и базируется в городе Видяево Мурманской области. Она относится к тому же классу, что и погибшая в 2000-м году подлодка «Курск». В мае 2005 года на борту «Святого Даниила Московского» побывал министр обороны Сергей Иванов.