Николаев обвиняется в том, что незаконно пользовался государственной охраной и передвигался по городу с эскортом ГИБДД, хотя это не положено ему по статусу. Кроме того, он передал в пользование частным лицам четыре участка земли, которыми не имел полномочий распоряжаться (они находились в федеральной собственности). Обвинения мэру Владивостока предъявлены по части 2 статьи 285 (злоупотребление должностными полномочиями) и части 2 статьи 286 (превышение должностных полномочий) Уголовного кодекса. Формально, ему грозит до семи лет лишения свободы. В феврале 2007 года Николаев был временно отстранен от должности мэра Владивостока.
По какому именно эпизоду Николаев признал свою вину, не уточняется. По словам его адвоката, градоначальник может признать свою вину и по другим эпизодам, и в таком случае защита намерена просить рассматривать его дела в особом, ускоренном порядке.